SARS-CoV-2 : Quelle est la gravité de la variante B.1.1.529, désormais nommée Omicron

Le variant B.1.1.529 a été signalé pour la première fois à l'OMS en Afrique du Sud le 24 ^novembre 2021. La première infection confirmée à B.1.1.529 provenait d'un échantillon prélevé le 9 ^novembre 2021^¹ . Une autre source ^² indique que ce variant a été détecté pour la première fois dans des échantillons prélevés le 11 ^novembre 2021 au Botswana et le 14 ^novembre 2021 en Afrique du Sud. Depuis, le nombre de cas de COVID-19 a fortement augmenté dans presque toutes les provinces d'Afrique du Sud. Au 27 ^novembre 2021, de nouveaux cas de ce variant ont également été signalés en Belgique, à Hong Kong, en Israël, au Royaume-Uni^³ , en Allemagne, en Italie et en République tchèque, tous liés à des voyages.

Nous remercions les autorités sud-africaines d'avoir communiqué et partagé rapidement les informations pertinentes avec la communauté scientifique internationale, permettant ainsi au groupe d'experts de l'OMS de se réunir le 26 ^novembre 2021 et de désigner rapidement ce variant comme variant préoccupant. La gravité de la situation est d'autant plus frappante que le variant B.1.1.529 avait été classé comme variant sous surveillance seulement deux jours auparavant, le 24 ^novembre 2021, avant d'être désigné comme variant préoccupant le 26 ^novembre 2021, sans avoir été préalablement classé comme variant en cours d'investigation.

Tableau : Variantes préoccupantes (COV) du SARS-CoV-2 au 26 novembre 2021 

La désignation urgente de la souche B.1.1.529 comme variant préoccupant (VOC) était justifiée par le fait qu'il s'agit du variant de SARS-CoV-2 le plus divergent identifié à ce jour. Comparé au virus SARS-CoV-2 initialement détecté à Wuhan, en Chine, il présente jusqu'à 30 modifications d'acides aminés, 3 petites délétions et 1 petite insertion dans la protéine Spike. Parmi ces modifications, 15 sont situées dans le domaine de liaison au récepteur (RBD), la partie du virus qui lui permet de pénétrer dans les cellules humaines et d'y provoquer une infection. Ce variant présente également de nombreuses modifications et délétions dans d'autres régions génomiques² ^. L'étendue des mutations est telle qu'il pourrait être considéré comme une nouvelle souche plutôt que comme un variant. Le nombre extrêmement élevé de mutations de la protéine Spike augmente la probabilité d'échappement aux anticorps connus , ce qui rend ce variant particulièrement préoccupant⁵^.

L'apparition de nouveaux variants est fréquente chez les coronavirus. Il est dans leur nature de subir des mutations génomiques à un rythme extrêmement rapide, en raison de l'absence d'activité nucléase de relecture de leurs polymérases ; plus la transmission est importante, plus les erreurs de réplication sont nombreuses et, par conséquent, plus les mutations s'accumulent dans le génome, donnant naissance à de nouveaux variants. Les coronavirus humains ont accumulé des mutations pour créer de nouveaux variants au cours de l'histoire récente. Plusieurs variants ont été responsables d'épidémies depuis 1966, date du premier épisode enregistré⁶ ^. Mais pourquoi une mutation aussi importante en une seule fois ? Peut-être parce que le variant B.1.1.529 a évolué lors d'une infection chronique chez une personne immunodéprimée, possiblement un patient atteint du VIH/SIDA non ^traité⁷.

Quelle que soit la cause des mutations étendues, si la vitesse à laquelle elle s'est propagée en Afrique du Sud est une indication, l'évolution de cette variante peut avoir une incidence considérable sur l'immunité, la transmissibilité, la virulence et l'efficacité des vaccins existants, actuellement utilisés.  

On ne dispose actuellement que de peu de données pour tirer des conclusions quant à l'efficacité des vaccins existants contre ce nouveau variant, ou quant à l'apparition de nouvelles infections malgré la vaccination. Cependant, une étude récente a montré qu'un variant synthétique présentant 20 mutations dans la protéine Spike échappait presque totalement à la neutralisation par les anticorps^⁷ . Ceci suggère que le nouveau variant B.1.1.529, avec un nombre de mutations bien plus élevé, pourrait présenter une neutralisation par les anticorps significativement réduite. Ce nouveau variant semble néanmoins plus transmissible, si l'on en juge par la rapidité avec laquelle il a remplacé le variant Delta en Afrique du Sud, bien que les données actuelles soient insuffisantes pour établir une estimation fiable. De même, il est impossible, à ce stade, de se prononcer sur la gravité des symptômes.

Face à la recrudescence inhabituelle des cas de COVID-19 en Europe ces dernières semaines (due à la forte contagiosité du variant delta) et à la propagation rapide du variant Omicron (B.1.1.529) en Afrique du Sud, qui a récemment remplacé le variant delta, plusieurs pays européens, dont le Royaume-Uni, l'Allemagne et l'Italie, ont imposé des restrictions de voyage aux personnes arrivant d'Afrique du Sud et de pays voisins comme le Botswana, le Malawi, le Mozambique, la Zambie et l'Angola. Craignant le pire, Israël va interdire l'entrée sur son territoire aux visiteurs de tous les pays.

Le monde a investi massivement dans le développement et l'administration de vaccins contre la COVID-19 afin de protéger la population contre la pandémie. La question qui préoccupe au plus haut point scientifiques et autorités est de savoir si les principaux vaccins contre la COVID-19, tels que ceux de Pfizer-BioNTech, Oxford-AstraZeneca, Moderna et Johnson & Johnson, resteront efficaces contre le variant Omicron (B.1.1.529). Cette inquiétude est alimentée par la multiplication des cas d'infection en Afrique du Sud. Les deux cas recensés à Hong Kong avaient également reçu des doses de vaccin^.

Le développement de vaccins « pan-coronavirus » ⁽ plateformes vaccinales multivalentes ⁾ semble être une nécessité urgente. Cependant, il serait plus rapide de produire des doses de rappel de vaccins à ARNm et à ADN couvrant les mutations. De plus, les antiviraux récemment approuvés (le molnupiravir de Merck et le paxlovid de Pfizer) devraient contribuer à protéger la population contre les hospitalisations et les décès.

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Références:  

1. OMS 2021. Actualités – Classification d'Omicron (B.1.1.529) : variante préoccupante du SRAS-CoV-2. Publié le 26 novembre 2021. Disponible en ligne sur https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern  

2. Centre européen de prévention et de contrôle des maladies. Implications de l'émergence et de la propagation du SARSCoV-2 B.1.1. 529 variante préoccupante (Omicron), pour l'UE/EEE. 26 novembre 2021. ECDC : Stockholm ; 2021. Disponible en ligne sur https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/threat-assessment-brief-emergence-sars-cov-2-variant-b.1.1.529  

3. Gouvernement britannique 2021. Communiqué de presse – Premiers cas britanniques de variante Omicron identifiés. Publié le 27 novembre 2021. Disponible sur https://www.gov.uk/government/news/first-uk-cases-of-omicron-variant-identified   

4. OMS, 2021. Suivi des variantes du SRAS-CoV-2. Disponible en ligne sur https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 

5. GitHub, 2021. Thomas Peacock : descendant B.1.1 associé à l'Afrique australe avec un nombre élevé de mutations Spike #343. Disponible en ligne sur https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/343 

6. Prasad U.2021. Variantes du coronavirus: ce que nous savons jusqu'à présent. Scientifique européen. Publié le 12 juillet 2021. Disponible en ligne sur http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/variants-of-coronavirus-what-we-know-so-far/ 

7. GAVI 2021. Travail sur les vaccins – Que savons-nous du nouveau variant du coronavirus B.1.1.529 et devons-nous nous en inquiéter ? Disponible à https://www.gavi.org/vaccineswork/what-we-know-about-new-b11529-coronavirus-variant-so-far 

8. Schmidt, F., Weisblum, Y., Rutkowska, M. et al. Barrière génétique élevée à la fuite des anticorps neutralisants polyclonaux du SRAS-CoV-2. Nature 2021. https://doi.org/10.1038/s41586-021-04005-0 

9. La variante du coronavirus fortement muté met les scientifiques en alerte. La nature Neuh. Mis à jour le 27 novembre 2021. DOI: https://doi.org/10.1038/d41586-021-03552-w  

10. Soni R. 2021. Vaccins « pan-coronavirus » : l'ARN polymérase émerge comme cible vaccinale. Scientifique européen. Publié le 16 novembre 2021. Disponible sur http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/pan-coronavirus-vaccines-rna-polymerase-emerges-as-a-vaccine-target/  

11. NIH 2021. Communiqué de presse – Le NIAID décerne de nouvelles récompenses pour financer les vaccins « pan-coronavirus ». Publié le 28 septembre 2021. Disponible sur https://www.nih.gov/news-events/news-releases/niaid-issues-new-awards-fund-pan-coronavirus-vaccines  

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