Deltacron n'est pas une nouvelle souche ou variante mais un cas de co-infection avec deux variantes du SRAS-CoV-2. Au cours des deux dernières années, différentes variantes de la souche SARS CoV-2 sont apparues avec un degré variable d'infectiosité et de gravité de la maladie. Des variantes telles que delta et omicron commencent à provoquer une co-infection, ce qui a conduit à des reportages dans les médias les étiquetant comme différentes souches du virus. Cependant, cela est trompeur car il s'agit simplement d'une infection causée par une combinaison de deux variantes, explique Rajeev Soni, un éminent biologiste moléculaire et biotechnologue.
La pandémie de COVID-19, causée par le coronavirus SARS-CoV-2, a paralysé le monde entier ces deux dernières années, ralentissant les économies et perturbant considérablement la vie quotidienne. À mesure que le virus infecte davantage de personnes, de nouveaux variants apparaissent en raison de mutations génétiques. Dans le cas du SARS-CoV-2, ces nouveaux variants émergent principalement à cause de mutations du domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine Spike. Des délétions de régions au sein de cette protéine ont également été observées. Le variant le plus virulent est le variant delta, responsable d'une augmentation des infections à la COVID-1 dans le monde entier, ainsi que d'une hausse de la mortalité. Récemment, en novembre 2021, l'Afrique du Sud a signalé un autre variant, appelé Omicron, 4 à 6 fois plus infectieux que le variant delta, mais provoquant une maladie moins grave. Un autre variant, appelé variant IHU 2, a été identifié en France au cours des deux dernières semaines.
De plus, des cas de co-infection par différentes variantes , comme les variants delta et omicron, ont été rapportés . Qu'on appelle l'infection « delmicron » ou « deltacron », il est important de retenir que ces termes désignent une infection causée par une combinaison de deux variants de la même souche du virus SARS-CoV-2, et non par des souches différentes, explique le Dr Rajeev Soni, biologiste moléculaire et biotechnologiste de renom, ancien élève de l'Université de Cambridge (Royaume-Uni).
Qualifier de « souche différente » une co-infection par différents variants viraux est trompeur. On parle généralement de souche lorsqu'une variante diffère sensiblement par ses propriétés biologiques et son comportement, ce qui n'est certainement pas le cas des variants observés jusqu'à présent³ . Une autre co-infection signalée associe une souche du virus de la grippe et une souche du coronavirus ; cette infection est alors appelée « Flurona ». Cela ne fait absolument pas de Flurona une souche différente.
Dans les prochains jours, d'autres variantes apparaîtront, ce qui pourrait entraîner davantage de co-infections. Cependant, ceux-ci ne doivent pas être qualifiés de souches différentes du virus. La nomenclature ne doit être limitée qu'à la maladie causée par l'infection des variants impliqués.
***
Références
- Bessière P, Volmer R (2021) De un à plusieurs : L'augmentation intra-hôte des variants viraux. Pathog PLoS 17(9) : e1009811. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1009811
- Nouvelle variante 'IHU' (B.1.640.2) détectée en France. Scientific European Publié le 04 janvier 2022. Disponible sur http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/new-ihu-variant-b-1-640-2-detected-in-france/
- COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK). Explication - Qu'entendent les virologues par « mutation », « variante » et « souche » ? 3 mars 2021. Disponible sur https://www.cogconsortium.uk/what-do-virologists-mean-by-mutation-variant-and-strain/
***
