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Tests de diagnostic pour COVID-19 : une évaluation des méthodes actuelles, des pratiques et de l'avenir

Covid-19Tests de diagnostic pour COVID-19 : une évaluation des méthodes actuelles, des pratiques et de l'avenir

Les tests de laboratoire pour le diagnostic de COVID-19 actuellement en pratique, tels que conseillés par les organismes internationaux d'experts, sont examinés et évalués.

Le COVID-19 maladie, originaire de Wuhan en Chine, a touché plus de 208 pays à ce jour. La communauté scientifique du monde entier s'est posée un défi de taille ces derniers mois, celui de développer tests de diagnostic pour les Covid-19 détection de la maladie afin de dépister les patients et les individus suspects afin de gérer et de contrôler efficacement la pandémie.

Avant d'évaluer les méthodes et pratiques actuelles utilisées pour la détection du COVID-19, commençons par comprendre ce qui cause le COVID-19 et comment développer des tests de diagnostic pour dépister les patients pour cette maladie. La maladie COVID-19 est causée par un ARN à brin positif virus qui sont zoonotiques, ce qui signifie qu'ils peuvent traverser les barrières d'espèces des animaux aux humains et peuvent provoquer, chez les humains, des maladies allant du simple rhume à des maladies plus graves telles que le MERS et le SRAS. Le virus à l'origine du COVID-19 a maintenant été nommé SARS-CoV-2 par le Comité international de taxonomie des virus (ICTV), car il est très similaire à celui qui a provoqué l'épidémie de SRAS (SARS-CoV). Le test de diagnostic de la maladie COVID-19 peut être développé de plusieurs manières.

La méthode la plus populaire et actuellement adoptée dans le monde consiste à développer un test de diagnostic capable de détecter le virus SARS-CoV-2 lui-même. Cette tester repose sur la détection du génome viral dans l'échantillon du patient par RT-PCR en temps réel (reverse transcriptase-real time Polymerase Chain Reaction). Cela implique la conversion de l'ARN viral en ADN à l'aide d'une enzyme appelée transcriptase inverse, puis l'amplification de l'ADN à l'aide d'un ensemble spécifique d'amorces et d'une sonde fluorescente, qui se lient à une région spécifique de l'ADN viral, à l'aide d'une polymérase Taq et en détectant le signal fluorescent. Ces tests sont appelés NAAT (Nucleic Acid Amplification Tests). Cette technique peut être très utile pour la détection très précoce de la présence d'acide nucléique dans l'échantillon de patient, même chez les patients asymptomatiques qui ne présentent pas de symptômes de la maladie COVID-19 (en particulier dans la période d'incubation de 14-28 jours) et dans la partie postérieure aussi bien lorsque la maladie est à son apogée.

Diverses entreprises du monde entier ont travaillé dans une course contre la montre au cours des derniers mois pour développer un test de diagnostic basé sur le NAAT pour la détection du SRAS-CoV-2 basé sur les directives du CDC (Centre for Disease Control), d'Atlanta, des États-Unis et de l'OMS ( 1, 2). Les autorités sanitaires du monde entier ont approuvé ces tests pour une utilisation d'urgence pour la détection du SRAS-CoV-2. Les gènes viraux ciblés jusqu'à présent comprennent les gènes N, E, S et RdRP, ainsi que des témoins positifs et négatifs appropriés. Les échantillons de patients à prélever pour un tel test proviennent des voies respiratoires supérieures (écouvillonnage nasopharyngé et oropharyngé) et/ou des voies respiratoires inférieures (expectorations et/ou aspiration endotrachéale ou lavage broncho-alvéolaire). Cependant, il est également possible de détecter le virus dans d'autres échantillons, y compris les selles et le sang. Les échantillons doivent être collectés rapidement de manière appropriée en prenant toutes les précautions nécessaires et en respectant les pratiques de biosécurité (conformément aux directives établies par l'OMS[1]), auprès de patients répondant à la définition de cas suspect de COVID-19, en les préservant et en les emballant. bien s'il doit être transporté jusqu'au centre de diagnostic puis traité (extraction de l'ARN dans une armoire de sécurité biologique dans une installation BSL-2 ou équivalente) rapidement de manière à garantir l'intégrité de l'échantillon. Tout cela doit être effectué en priorité pour une meilleure gestion clinique et un meilleur contrôle des épidémies.

Le temps de détection pour divers tests basés sur le NAAT disponibles et développés par les principales sociétés de diagnostic du monde entier varie de 45 minutes à 3.5 heures. Diverses améliorations sont apportées à ces tests pour les convertir en tests au point de service et obtenir les résultats souhaités le plus rapidement possible sans compromettre la précision des résultats, afin d'augmenter le nombre de tests pouvant être effectués en une journée.

D'autres options de test de diagnostic sont tests de diagnostic rapide (TDR) qui détectent les antigènes/protéines viraux qui sont exprimés à la surface des particules virales du SRAS-CoV-2 lorsqu'elles se répliquent dans les cellules hôtes et provoquent la maladie ou les anticorps de l'hôte en réponse à l'infection ; ce test détecte la présence d'anticorps dans le sang de personnes soupçonnées d'avoir été infectées par le COVID-19 (3).

La précision et la reproductibilité du TDR pour détecter les antigènes viraux dépendent de plusieurs facteurs, notamment le temps écoulé depuis le début de la maladie, la concentration de virus dans l'échantillon, la qualité et le traitement de l'échantillon et la formulation des réactifs présents dans les kits de test. En raison de ces variables, la sensibilité de ces tests peut varier de 34 % à 80 %. Un inconvénient majeur de cette option est que le virus doit être dans son stade réplicatif et infectieux afin de détecter les protéines virales.

De même, les tests de détection des anticorps de l'hôte sont basés sur la force de la réponse en anticorps qui dépend de facteurs tels que l'âge, l'état nutritionnel, la gravité de la maladie et certains médicaments ou infections qui suppriment le système immunitaire. Un inconvénient majeur de cette option est que les anticorps sont produits pendant des jours voire des semaines après l'infection par le virus du SRAS-CoV-2 et qu'il faut attendre aussi longtemps pour effectuer le test. Cela signifie qu'un diagnostic d'infection au COVID-19 basé sur la réponse des anticorps de l'hôte ne sera souvent possible que pendant la phase de récupération, lorsque de nombreuses opportunités d'intervention clinique ou de prévention de la transmission de la maladie sont déjà passées.

Actuellement, les TDR mentionnés ci-dessus n'ont été approuvés que dans un cadre de recherche et non pour le diagnostic clinique en raison du manque de données (3, 4). Au fur et à mesure que de plus en plus de données épidémiologiques deviennent disponibles pour COVID-19, de plus en plus de TDR seront développés et approuvés en tant que tests au point de service dans un cadre clinique, car ils peuvent donner des résultats en 10 à 30 minutes, contrairement aux tests basés sur le NAAT qui prennent en moyenne. quelques heures pour détecter la maladie.

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Références:
1. OMS, 2020. Recommandations de stratégie d'essais en laboratoire pour COVID-19. Orientation provisoire. 21 mars 2020. Disponible en ligne sur https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/331509/WHO-COVID-19-lab_testing-2020.1-eng.pdf Consulté le 09 avril 2020
2. CDC 2020. Information pour les laboratoires. Guide provisoire pour les laboratoires Disponible en ligne sur https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/lab/index.html Consulté le 09 avril 2020.
3. OMS, 2020. Conseils sur l'utilisation des tests au point de service. Brève scientifique. 08 avril 2020. Disponible en ligne sur https://www.who.int/news-room/commentaries/detail/advice-on-the-use-of-point-of-care-immunodiagnostic-tests-for-covid-19 Consulté le 09 avril 2020.
4. ECDC, 2020. Aperçu de la situation des tests rapides pour le diagnostic du COVID-19 dans l'UE/EEE. 01 avril 2020. Centre européen de prévention et de contrôle des maladies. Disponible en ligne sur https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/overview-rapid-test-situation-covid-19-diagnosis-eueea Consulté le 09 avril 2020

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Rajeev Soni
Rajeev Sonihttps://www.RajeevSoni.org/
Le Dr Rajeev Soni (ID ORCID : 0000-0001-7126-5864) est titulaire d'un doctorat. en biotechnologie de l'Université de Cambridge, Royaume-Uni et a 25 ans d'expérience de travail à travers le monde dans divers instituts et multinationales tels que The Scripps Research Institute, Novartis, Novozymes, Ranbaxy, Biocon, Biomerieux et en tant que chercheur principal avec US Naval Research Lab dans la découverte de médicaments, le diagnostic moléculaire, l'expression de protéines, la fabrication de produits biologiques et le développement commercial.

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