L'une des caractéristiques les plus inhabituelles et intrigantes de la variante Omicron fortement mutée est qu'elle a acquis toutes ces mutations en une seule fois, sur une période très courte. L'ampleur des mutations est telle que certains pensent qu'il pourrait s'agir d'une nouvelle souche de coronavirus humain (SARS-CoV-3 ?). Comment un tel niveau de mutation a-t-il pu se produire en si peu de temps ? D'aucuns avancent l'hypothèse qu'Omicron pourrait provenir d'un patient immunodéprimé atteint d'une infection chronique comme le VIH/SIDA. Ou bien, pourrait-elle avoir évolué lors de la vague actuelle en Europe , qui a connu des taux de transmission très élevés ? Ou encore, pourrait-elle être liée à des recherches sur le gain de fonction (GoF) ou à tout autre facteur ? À qui cela profite-t-il ? Il est impossible de tirer des conclusions à ce stade. Néanmoins, cet article tente d'éclairer les différentes dimensions associées à ce phénomène.
Le nouveau variant du COVID-19, récemment signalé en Afrique du Sud le 25 novembre 2021, s'est propagé dans plusieurs pays du monde, notamment au Royaume-Uni, au Canada, au Japon, en Australie, en Autriche, à Hong Kong, en Israël, en Espagne, en Belgique, au Danemark et au Portugal. Ce variant a été désigné comme nouveau variant préoccupant (VOC) par l'OMS et nommé Omicron . Omicron est caractérisé par 30 modifications d'acides aminés, trois petites délétions et une petite insertion dans la protéine Spike par rapport au virus original¹ . Cependant, compte tenu du taux de mutation² des virus à ARN, il est impossible de développer plus de 30 mutations du jour au lendemain. Il faudrait au moins 3 à 5 mois pour générer 6 mutations dans le génome de 30 kb du SARS-CoV-2, en se basant sur le taux de mutation naturel du virus² lors de sa transmission d'un hôte à l'autre. Selon ce calcul, il aurait fallu entre 15 et 25 mois pour qu'un variant comme Omicron , porteur de 30 mutations, émerge. Cependant, cette mutation progressive n'a pas été observée à l'échelle mondiale durant la période considérée. On suppose que ce variant est issu d'une infection chronique chez un patient immunodéprimé, possiblement un patient séropositif non traité. Compte tenu de l'ampleur du changement, il pourrait être classé comme une nouvelle souche virale (à l'instar du SARS-CoV-3). Néanmoins, le nombre de mutations présentes pourrait indiquer une transmissibilité plus élevée que celle d'autres variants. Des études complémentaires sont toutefois nécessaires pour le confirmer.
Les prochaines semaines sont cruciales pour déterminer la transmissibilité de la nouvelle variante et la gravité de la maladie qu'elle provoque. Jusqu'à présent, tous les cas étaient bénins et asymptomatiques et la bonne nouvelle est qu'il n'y a eu aucune mortalité. Nous devons également évaluer dans quelle mesure la nouvelle variante peut échapper à la protection immunitaire fournie par les vaccins actuels. Cela nous permettra de décider combien de temps nous pouvons continuer avec les vaccins actuels avant de les adapter à la nouvelle variante. Pfizer et Moderna ont déjà pris des mesures pour peaufiner leurs vaccins. Cependant, la question qui plane toujours sur l'origine de cette variante demeure. Il est plausible que la variante Omicron ait évolué beaucoup plus tôt dans la vague actuelle d'incidence plus élevée de cas en Europe, mais elle a été signalée récemment par les autorités sud-africaines (sur la base du séquençage du génome). Cependant, cela peut ne pas être le cas car la vague actuelle existe depuis 4 à 5 mois et, selon les taux de mutation, n'aurait pas dû entraîner plus de 5 à 6 mutations.
Ou bien Omicron était -il un produit de la recherche sur le gain de fonction (GoF), menant au développement d'agents pathogènes potentiellement pandémiques (APP) 3,4 ? La recherche sur le gain de fonction désigne des expériences au cours desquelles un agent pathogène (ici, le SARS-CoV-2) acquiert la capacité d'accomplir une fonction qui ne faisait pas partie de son existence normale. Dans ce cas précis, cela pourrait entraîner une transmissibilité et une virulence accrues. Il est possible que cela conduise au développement d'un organisme nouveau, inédit dans la nature. L'objectif de la recherche sur le gain de fonction est de mieux comprendre les variants pathogènes et d'être prêt à développer un traitement ou un vaccin si un tel variant apparaît dans la nature. Le nombre de mutations acquises par les APP rend non seulement la souche hautement transmissible, mais lui permet également d'échapper aux anticorps neutralisants produits contre le virus d'origine chez les personnes convalescentes. De plus, la manipulation de la souche est possible grâce aux techniques modernes de génie génétique basées sur la recombinaison ciblée de l'ARN 5 . Cela peut également engendrer de nouvelles souches/variants pathogènes présentant un plus grand nombre de mutations, aboutissant à un virus hautement transmissible et virulent. Des recherches ont montré que 20 mutations survenant dans la protéine Spike, incluant des modifications et des délétions, suffisent à permettre au virus d'échapper à la majorité des anticorps produits dans le plasma des personnes infectées par le SARS-CoV-2 ou vaccinées contre celui-ci<sup> 6 </sup>. Selon une autre étude, sous forte pression immunitaire, le SARS-CoV-2 peut acquérir la capacité d'échapper aux anticorps en effectuant seulement 3 modifications : deux délétions dans le domaine N-terminal et une mutation (E483K) dans la protéine Spike<sup> 7 </sup>.
Doit-on autoriser ce type de recherche qui mène à la génération de PPP ? En fait, la recherche sur le gain de fonction a été interdite par les États-Unis en 2014 par le NIH, après une série d'accidents impliquant des agents pathogènes mal manipulés aux Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis, suggérant que les risques associés à ce type de recherche dépassent de loin les avantages qu'il peut procurer. A qui profite l'émergence et la diffusion de tels PPP ? Ce sont des questions difficiles qui nécessitent de vraies réponses.
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DOI : https://doi.org/10.29198/scieu/2112011
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Références:
- Centre européen de prévention et de contrôle des maladies. Implications de l'émergence et de la propagation du SARSCoV-2 B.1.1. 529 variante préoccupante (Omicron), pour l'UE/EEE. 26 novembre 2021. ECDC : Stockholm ; 2021. Disponible en ligne sur https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/threat-assessment-brief-emergence-sars-cov-2-variant-b.1.1.529
- Simmonds P., 2020. Hypermutation rampante C → U dans les génomes du SRAS-CoV-2 et d'autres coronavirus: causes et conséquences de leurs trajectoires évolutives à court et à long terme. 24 juin 2020. DOI : https://doi.org/10.1128/mSphere.00408-20
- NIH. Recherche impliquant des agents pathogènes pandémiques potentiels accrus. (page révisée le 20 octobre 2021. https://www.nih.gov/news-events/research-involving-potential-pandemic-pathogens
- Les sables mouvants de la recherche sur le « gain de fonction ». Nature 598, 554-557 (2021). est ce que je: https://doi.org/10.1038/d41586-021-02903-x
- Bert Jan Haijema, Haukeliene Volders et Peter JM Rottier. Changer le tropisme d'espèce : un moyen efficace de manipuler le génome du coronavirus félin. Journal de virologie. Vol. 77, n° 8. DOI : https://doi.org/10.1128/JVI.77.8.4528-4538.20033
- Schmidt, F., Weisblum, Y., Rutkowska, M. et al. Barrière génétique élevée à la fuite des anticorps neutralisants polyclonaux du SRAS-CoV-2. Nature 2021. https://doi.org/10.1038/s41586-021-04005-0
- Andréano E., et al 2021. Le SARS-CoV-2 s'échappe d'un plasma de convalescence COVID-19 hautement neutralisant. PNAS 7 septembre 2021 118 (36) e2103154118; https://doi.org/10.1073/pnas.2103154118
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