SARS-CoV-2 : Quelle est la gravité de la variante B.1.1.529, désormais nommée Omicron

Le variant B.1.1.529 a été signalé pour la première fois à l'OMS par l'Afrique du Sud le 24^th novembre 2021. La première infection confirmée connue à B.1.1.529 provenait d'un échantillon prélevé le 9^th Novembre 2021¹. Une autre source² indique que ce variant a été détecté pour la première fois dans des échantillons prélevés le 11^th novembre 2021 au Botswana et le 14^th novembre 2021 en Afrique du Sud. Depuis lors, le nombre de cas de COVID-19 a fortement augmenté dans presque toutes les provinces d'Afrique du Sud. Comme le 27^th Novembre 2021, de nouveaux cas de cette variante ont également été signalés en Belgique, Hong Kong, Israël, Royaume-Uni³, l'Allemagne, l'Italie et la République tchèque qui sont tous d'origine liée aux voyages.  

Merci aux autorités sud-africaines de n'avoir pas pris le temps de communiquer et de partager des informations pertinentes avec la communauté scientifique mondiale afin que le groupe d'experts de l'OMS puisse se réunir le 26^th novembre 2021 et désigner rapidement cette variante comme variante préoccupante (VOC). La gravité de l'affaire pouvait être mesurée par le fait que B.1.1.529 a été désigné variante sous surveillance (VUM) il y a seulement deux jours, le 24^th novembre 2021 avant d'être désigné comme COV le 26^th novembre 2021 sans être désigné d'abord comme variante sous enquête (VOI).  

Tableau : Variantes préoccupantes (COV) du SARS-CoV-2 au 26 novembre 2021 

L'urgence de désigner B.1.1.529 comme variante préoccupante (COV) était justifiée car il a été constaté que cette variante est la variante la plus divergente du SRAS-CoV-2 à ce jour. Comparé au virus SARS-CoV-2 initialement détecté à Wuhan, en Chine, il présente jusqu'à 30 modifications d'acides aminés, 3 petites délétions et 1 petite insertion dans la protéine de pointe. Parmi ces changements, 15 sont situés dans le domaine de liaison au récepteur (RBD), la partie du virus qui lui permet de pénétrer dans les cellules humaines, entraînant une infection. Cette variante présente également un certain nombre de modifications et de délétions dans d'autres régions génomiques². Les mutations sont si étendues qu'on pourrait l'appeler une nouvelle souche, au lieu d'une variante. La quantité incroyablement élevée de mutations de pointe signifie une possibilité accrue d'échapper aux anticorps connus, ce qui fait de cette variante un sujet de grave préoccupation.⁵.  

Le passage à de nouvelles variantes est commun aux coronavirus. Il a toujours été naturel que les coronavirus subissent des mutations dans leurs génomes à des taux extrêmement élevés, en raison du manque de relecture de l'activité nucléase de leurs polymérases ; plus la transmission, plus les erreurs de réplication et donc plus de mutations s'accumulent dans le génome, conduisant à de nouveaux variants. Les coronavirus humains ont accumulé des mutations pour créer de nouvelles variantes dans l'histoire récente. Il y avait plusieurs variantes responsables d'épidémies depuis 1966, date à laquelle le premier épisode a été enregistré⁶. Mais pourquoi une mutation aussi étendue en un seul sursaut ? Peut-être, parce que le variant B.1.1.529 a évolué au cours d'une infection chronique d'une personne immunodéprimée, peut-être un patient VIH/SIDA non traité⁷.  

Quelle que soit la cause des mutations étendues, si la vitesse à laquelle elle s'est propagée en Afrique du Sud est une indication, l'évolution de cette variante peut avoir une incidence considérable sur l'immunité, la transmissibilité, la virulence et l'efficacité des vaccins existants, actuellement utilisés.  

Que les vaccins existants resteront efficaces contre cette nouvelle variante ou s'il y aura plus de cas d'infections vaccinales percées, il y a peu de données actuellement disponibles pour tirer une conclusion. Cependant, dans une étude récente, une variante synthétique avec 20 mutations dans la protéine de pointe avait montré une évasion presque complète des anticorps⁷. Cela indique que le nouveau variant B.1.1.529 avec des mutations beaucoup plus élevées, peut présenter une neutralisation significativement réduite par les anticorps. La nouvelle variante, cependant, semble être plus transmissible compte tenu de la vitesse à laquelle elle a remplacé la variante Delta en Afrique du Sud, bien que les données actuelles ne soient pas suffisantes pour tirer une estimation fiable. De même, il n'est pas possible de commenter la gravité des symptômes à ce stade.  

Compte tenu du fait que l'Europe est déjà en proie à un nombre inhabituellement élevé de cas de COVID 19 (en raison d'une variante delta hautement transmissible) au cours des dernières semaines et du rythme rapide auquel Omicron (B.1.1.529) s'est répandue en Afrique du Sud remplaçant récemment la variante delta, plusieurs pays d'Europe, dont le Royaume-Uni, l'Allemagne et l'Italie, ont imposé des restrictions de voyage aux arrivées d'Afrique du Sud et de pays voisins comme le Botswana, le Malawi, le Mozambique, la Zambie et Angola. Craignant le pire, Israël va interdire l'entrée des visiteurs de tous les pays.  

Le monde a tellement investi dans le développement et l'administration de vaccins COVID-19 pour protéger les gens de la pandémie. La question qui préoccupe le plus les scientifiques et les autorités est de savoir si les principaux vaccins COVID-19 comme Pfizer-BioNTech, Oxford-AstraZeneca, Moderna, Johnson & Johnson resteront également efficaces contre la variante Omicron (B.1.1.529). . Ceci est alimenté par le fait que des infections à percée ont été signalées en Afrique du Sud. Les deux cas de Hong Kong avaient également reçu des doses de vaccin⁹. 

Développement de vaccins ''pan-coronavirus''¹⁰ (plateformes vaccinales multivalentes¹¹) semblent être le besoin de l'heure. Mais, plus rapidement, il sera peut-être possible de fabriquer rapidement des doses de rappel de vaccins à ARNm et à ADN couvrant les mutations. De plus, la récente approbation antiviraux (Molnupiravir de Merck et Paxlovid de Pfizer) devraient être utiles pour protéger les personnes contre les hospitalisations et les décès.   

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Références:  

1. OMS 2021. Actualités – Classification d'Omicron (B.1.1.529) : variante préoccupante du SRAS-CoV-2. Publié le 26 novembre 2021. Disponible en ligne sur https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern  

2. Centre européen de prévention et de contrôle des maladies. Implications de l'émergence et de la propagation du SARSCoV-2 B.1.1. 529 variante préoccupante (Omicron), pour l'UE/EEE. 26 novembre 2021. ECDC : Stockholm ; 2021. Disponible en ligne sur https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/threat-assessment-brief-emergence-sars-cov-2-variant-b.1.1.529  

3. Gouvernement britannique 2021. Communiqué de presse – Premiers cas britanniques de variante Omicron identifiés. Publié le 27 novembre 2021. Disponible sur https://www.gov.uk/government/news/first-uk-cases-of-omicron-variant-identified   

4. OMS, 2021. Suivi des variantes du SRAS-CoV-2. Disponible en ligne sur https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 

5. GitHub, 2021. Thomas Peacock : descendant B.1.1 associé à l'Afrique australe avec un nombre élevé de mutations Spike #343. Disponible en ligne sur https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/343 

6. Prasad U.2021. Variantes du coronavirus: ce que nous savons jusqu'à présent. Scientifique européen. Publié le 12 juillet 2021. Disponible en ligne sur http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/variants-of-coronavirus-what-we-know-so-far/ 

7. GAVI 2021. Travail sur les vaccins – Que savons-nous du nouveau variant du coronavirus B.1.1.529 et devons-nous nous en inquiéter ? Disponible à https://www.gavi.org/vaccineswork/what-we-know-about-new-b11529-coronavirus-variant-so-far 

8. Schmidt, F., Weisblum, Y., Rutkowska, M. et al. Barrière génétique élevée à la fuite des anticorps neutralisants polyclonaux du SRAS-CoV-2. Nature 2021. https://doi.org/10.1038/s41586-021-04005-0 

9. La variante du coronavirus fortement muté met les scientifiques en alerte. La nature Neuh. Mis à jour le 27 novembre 2021. DOI: https://doi.org/10.1038/d41586-021-03552-w  

10. Soni R. 2021. Vaccins « pan-coronavirus » : l'ARN polymérase émerge comme cible vaccinale. Scientifique européen. Publié le 16 novembre 2021. Disponible sur http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/pan-coronavirus-vaccines-rna-polymerase-emerges-as-a-vaccine-target/  

11. NIH 2021. Communiqué de presse – Le NIAID décerne de nouvelles récompenses pour financer les vaccins « pan-coronavirus ». Publié le 28 septembre 2021. Disponible sur https://www.nih.gov/news-events/news-releases/niaid-issues-new-awards-fund-pan-coronavirus-vaccines  

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