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Variantes du coronavirus : ce que l'on sait jusqu'à présent

Covid-19Variantes du coronavirus : ce que l'on sait jusqu'à présent

Les coronavirus sont des virus à ARN appartenant à la famille des coronaviridae. Ces virus affichent des taux d'erreurs remarquablement élevés lors de la réplication en raison du manque d'activité nucléase de relecture de leurs polymérases. Dans d'autres organismes, les erreurs de réplication sont corrigées mais les coronavirus manquent de cette capacité. En conséquence, les erreurs de réplication dans les coronavirus restent non corrigées et s'accumulent, qui à leur tour agissent comme source de variation et d'adaptation de ces virus. Ainsi, il a toujours été dans la nature des choses que les coronavirus subissent des mutations dans leurs génomes à des taux extrêmement élevés ; plus la transmission, plus les erreurs de réplication se produisent et donc plus de mutations dans le génome conduisant à plus de variantes par conséquent. 

De toute évidence, le passage à de nouvelles variantes n'est pas nouveau pour les coronavirus. Les coronavirus humains ont accumulé des mutations vers de nouvelles formes dans l'histoire récente. Il y avait plusieurs variantes responsables de diverses épidémies depuis 1966, date à laquelle le premier épisode a été enregistré.  

Le SRAS-CoV a été la première variante mortelle qui a provoqué une épidémie de coronavirus dans la province chinoise du Guangdong en 2002. Le MERS-CoV était la prochaine variante importante qui a provoqué une épidémie en Arabie saoudite en 2012.  

Le nouveau coronavirus SARS-CoV-2, la variante responsable de la pandémie actuelle de COVID-19 qui a commencé en décembre 2019 à Wuhan, en Chine et s'est ensuite propagée dans le monde entier pour devenir la première pandémie de coronavirus de l'histoire de l'humanité, a continuellement subi une nouvelle adaptation accumulant des mutations dans différentes régions géographiques donnant lieu à plusieurs sous-variantes. Ces sous-variantes présentent des différences mineures dans leur génome et les protéines de pointe et présentent des différences dans leur taux de transmission, leur virulence et leur infectivité d'échappement immunitaire.  

Sur la base de la menace que représentent ces sous-variantes, elles sont regroupées en trois catégories : variantes préoccupantes (VOC), variantes intéressantes ou variantes sous enquête (VOI) et variantes sous surveillance. Ce regroupement de sous-variantes est basé sur des preuves liées à la transmissibilité, à l'immunité et à la gravité de l'infection.    

  1. Variantes préoccupantes (COV) 

Les variantes préoccupantes (COV) sont clairement associées à l'augmentation de la transmissibilité ou de la virulence ou à la diminution de l'efficacité de toute mesure de santé publique telle que l'efficacité des vaccins actuellement utilisés. 

Label OMS Lignées  Pays détecté en premier (communauté) Année et mois détectés pour la première fois 
Alpha B.1.1.7 Royaume-Uni septembre 2020 
bêta B.1.351 Afrique du Sud septembre 2020 
Gamma P.1 Brasil Décembre 2020 
Delta B.1.617.2 Inde Décembre 2020 
  1. Variantes d'intérêt ou variantes à l'étude (VOI) 

Les variants d'intérêt ou les variants à l'étude (VOI) sont connus pour avoir des changements génétiques qui peuvent affecter leur transmissibilité, leur virulence ou l'efficacité des mesures de santé publique et sont identifiés comme étant à l'origine d'une transmission communautaire significative.

Label OMS Lignées  Pays détecté en premier (communauté) Année et mois détectés pour la première fois 
Âge B.1.525 Nigeria Décembre 2020 
Iota B.1.526   États-Unis  novembre 2020 
Kappa B.1.617.1 Inde Décembre 2020 
Lambda C.37 Pérou Décembre 2020 
  1. Variantes sous surveillance  

Les variantes sous surveillance sont détectées en tant que signaux et il semble qu'elles puissent avoir des propriétés similaires à celles d'un COV, mais les preuves peuvent être faibles. Par conséquent, ces variantes sont constamment surveillées pour tout changement.  

Label OMS Lignées  Pays détecté en premier (communauté) Année et mois détectés pour la première fois 
 B.1.617.3 Inde Février 2021 
 A.23.1+E484K Royaume-Uni Décembre 2020 
Lambda C.37 Pérou Décembre 2020 
 B.1.351+P384L Afrique du Sud Décembre 2020 
 B.1.1.7+L452R Royaume-Uni January 2021 
 B.1.1.7+S494P Royaume-Uni January 2021 
 C.36+L452R Égypte Décembre 2020 
 AT.1 Russie January 2021 
Iota B.1.526 États-Unis Décembre 2020 
Zeta P.2 Brasil January 2021 
 AV.1 Royaume-Uni Mars 2021 
 P.1+P681H Italie Février 2021 
 B.1.671.2 + K417N Royaume-Uni Juin 2021 

Ce regroupement est dynamique, ce qui signifie que les sous-variantes peuvent être supprimées d'un groupe ou incluses dans n'importe quel groupe en fonction du changement dans l'évaluation des menaces en termes de transmissibilité, d'immunité et de gravité de l'infection.  

Ironiquement, l'évolution du SAR-CoV-2 semble actuellement être un processus en cours. Selon la nature de ce virus, tant qu'il y aura transmission entre humains, il y aura des erreurs de réplication et des mutations. Certains mutants ou variants peuvent surmonter la pression de sélection pour devenir plus infectieux et virulents ou échapper à la réponse immunitaire pour rendre le vaccin moins efficace. Peut-être que beaucoup plus de variantes seront détectées en temps voulu dans les régions de transmission plus élevée. La réduction de la transmission et une surveillance constante sont la clé des stratégies de confinement.  

***

Sources:  

  1. Prasad U., 2021. Nouvelles souches de SARS-CoV-2 (le virus responsable du COVID-19) : l'approche de « neutralisation des anticorps » pourrait-elle être une réponse à la mutation rapide ? Scientifique européen. Publié le 23 décembre 2020. Disponible en ligne sur https://www.scientificeuropean.co.uk/medicine/new-strains-of-sars-cov-2-the-virus-responsible-for-covid-19-could-neutralising-antibodies-approach-be-answer-to-rapid-mutation/  
  1. OMS, 2021. Suivi des variantes du SRAS-CoV-2. Disponible en ligne sur https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 
  1. ECDPC 2021. Variantes du SARS-CoV-2 préoccupantes au 8 juillet 2021. Disponible en ligne sur https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern 

***

Umesh Prasad
Umesh Prasad
Rédacteur en chef, Scientific European

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