Des chercheurs ont découvert un nouvel archéon en symbiose au sein d'un système microbien marin. Ce génome présente une réduction extrême, avec un génome fortement réduit de seulement 238 kbp, et un biais fonctionnel extrême en faveur du traitement de l'information génétique. Son génome code principalement les mécanismes de réplication, de transcription et de traduction de l'ADN. Dépourvu de presque toutes les voies métaboliques, il présente une dépendance métabolique totale à l'hôte. Provisoirement nommé Candidatus Sukunaarchaeum mirabile, il s'agit essentiellement d'une entité cellulaire ne conservant que son noyau réplicatif et ayant évolué pour se rapprocher d'un mode de vie viral. Sukunaarchaeum mirabile apparaissant comme un lien entre les entités cellulaires et les virus, cette découverte nous amène à nous interroger sur les exigences minimales de la vie cellulaire.
Les dinoflagellés sont un groupe d'algues eucaryotes unicellulaires portant deux flagelles différents. Il s'agit principalement de plancton marin et sont connus pour maintenir des communautés microbiennes symbiotiques.
Une étude récente, portant sur l'amplification du génome de bactéries associées au dinoflagellé Citharistes regius, a révélé la présence d'une séquence circulaire très inhabituelle de 238 kpb, caractérisée par une faible teneur en GC (guanine-cytosine) de 28.9 %. Cette séquence s'est avérée être le génome complet d'un procaryote. Des analyses complémentaires ont permis d'identifier l'organisme porteur de ce génome comme étant une archée. À ce jour, le plus petit génome archéen complet connu est celui de Nanoarchaeum equitans, d'une taille de 490 kpb. Le génome de l'archée découvert dans cette étude est deux fois plus petit, tout en étant très complet. Des investigations supplémentaires ont confirmé qu'il s'agit bien d'un génome d'archée complet et l'ont nommé Candidatus Sukunaarchaeum mirabile.
L'archée récemment découverte Ca. Sukunaarchaeum mirabile présente une réduction génomique extrême, avec un génome considérablement réduit à seulement 238 kpb (à titre de comparaison, la taille du génome des archées typiques est d'environ 0.5 à 5.8 Mpb, tandis que celle des virus varie de 2 kpb à plus de 1 Mpb). De plus, elle présente une forte spécialisation fonctionnelle dans le traitement de l'information génétique. Son génome code principalement pour les mécanismes de réplication, de transcription et de traduction de l'ADN. Dépourvue de la quasi-totalité des voies métaboliques, elle est totalement dépendante métaboliquement de son hôte.
Ca. Sukunaarchaeum mirabile ressemble aux virus par son génome minimal dédié à l'auto-perpétuation génétique et par sa dépendance absolue à l'hôte, imposée par la réduction de son métabolisme. Cependant, contrairement aux virus, Sukunaarchaeum mirabile possède son propre appareil transcriptionnel et traductionnel ainsi que ses ribosomes. Il ne manque pas de gènes essentiels à la réplication et n'est pas dépendant de l'hôte pour cela. C'est là la principale distinction entre les entités cellulaires et les virus. Sukunaarchaeum mirabile est fondamentalement une entité cellulaire ne conservant que son noyau réplicatif et ayant évolué pour se rapprocher du mode de vie viral.
L' apparition de Sukunaarchaeum mirabile comme lien entre les entités cellulaires et les virus amène à s'interroger sur les exigences minimales de la vie cellulaire.
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Références:
- Harada R., et al 2025. Une entité cellulaire ne conservant que son noyau réplicatif : lignée archéenne cachée au génome ultra-réduit. Prépublication sur bioRxiv. Soumise le 02 mai 2025. DOI : https://doi.org/10.1101/2025.05.02.651781
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