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Variantes du coronavirus : ce que l'on sait jusqu'à présent

Les coronavirus sont à ARN virus appartenant à la famille des coronaviridae. Ces virus affichent des taux d’erreurs remarquablement élevés lors de la réplication en raison du manque de relecture de l’activité nucléase de leurs polymérases. Dans d’autres organismes, les erreurs de réplication sont corrigées mais les coronavirus n’ont pas cette capacité. En conséquence, les erreurs de réplication des coronavirus restent non corrigées et s’accumulent, ce qui à leur tour agit comme source de variation et d’adaptation de ces derniers. virus. Ainsi, il a toujours été naturel que les coronavirus subissent des mutations dans leur génome à des taux extrêmement élevés ; plus il y a de transmission, plus d'erreurs de réplication se produisent et donc plus de mutations dans le génome conduisant à plus de variantes En conséquence. 

Évidemment, passer au nouveau variantes n'est pas nouveau pour coronavirus. Humain coronavirus ont développé des mutations vers de nouvelles formes au cours de l’histoire récente. Il y avait plusieurs variantes responsable de diverses épidémies depuis 1966, date à laquelle le premier épisode a été enregistré.  

Le SRAS-CoV a été la première variante mortelle à avoir causé coronavirus dans la province chinoise du Guangdong en 2002. Le MERS-CoV a été la prochaine variante importante à avoir provoqué une épidémie en Arabie Saoudite en 2012.  

Le roman coronavirus SARS-CoV-2, la variante responsable de la pandémie actuelle de COVID-19 qui a débuté en décembre 2019 à Wuhan, en Chine, et s'est ensuite propagée dans le monde entier pour devenir la première coronavirus pandémique dans l’histoire de l’humanité, a continuellement subi de nouvelles adaptations, accumulant des mutations dans différentes régions géographiques, donnant naissance à plusieurs sous-variantes. Ces sous-variantes présentent des différences mineures dans leur génome et dans les protéines de pointe et présentent des différences dans leur taux de transmission, leur virulence et leur pouvoir infectieux de fuite immunitaire.  

En fonction de la menace que représentent ces sous-variantes, elles sont regroupées en trois catégories : Variantes préoccupantes (VOC), variantes d’intérêt ou variantes sous enquête (VOI) et variantes sous surveillance. Ce regroupement de sous-variantes est basé sur des preuves liées à la transmissibilité, à l'immunité et à la gravité de l'infection.    

  1. Variantes préoccupantes (COV) 

Les variantes préoccupantes (COV) sont clairement associées à l'augmentation de la transmissibilité ou de la virulence ou à la diminution de l'efficacité de toute mesure de santé publique telle que l'efficacité des vaccins actuellement utilisés. 

Label OMS Lignées  Pays détecté en premier (communauté) Année et mois détectés pour la première fois 
Alpha B.1.1.7 Royaume Uni Septembre 2020 
bêta B.1.351 Afrique du Sud Septembre 2020 
La Gamme P.1 Brasil Décembre 2020 
Delta B.1.617.2 Inde Décembre 2020 
  1. Variantes d'intérêt ou variantes à l'étude (VOI) 

Les variants d'intérêt ou les variants à l'étude (VOI) sont connus pour avoir des changements génétiques qui peuvent affecter leur transmissibilité, leur virulence ou l'efficacité des mesures de santé publique et sont identifiés comme étant à l'origine d'une transmission communautaire significative.

Label OMS Lignées  Pays détecté en premier (communauté) Année et mois détectés pour la première fois 
Âge B.1.525 Nigéria Décembre 2020 
Iota B.1.526   États-Unis  Novembre 2020 
Kappa B.1.617.1 Inde Décembre 2020 
Lambda C.37 Pérou Décembre 2020 
  1. Variantes sous surveillance  

Les variantes sous surveillance sont détectées en tant que signaux et il semble qu'elles puissent avoir des propriétés similaires à celles d'un COV, mais les preuves peuvent être faibles. Par conséquent, ces variantes sont constamment surveillées pour tout changement.  

Label OMS Lignées  Pays détecté en premier (communauté) Année et mois détectés pour la première fois 
 B.1.617.3 Inde Février 2021 
 A.23.1+E484K Royaume Uni Décembre 2020 
Lambda C.37 Pérou Décembre 2020 
 B.1.351+P384L Afrique du Sud Décembre 2020 
 B.1.1.7+L452R Royaume Uni Janvier 2021 
 B.1.1.7+S494P Royaume Uni Janvier 2021 
 C.36+L452R Égypte Décembre 2020 
 AT.1 Russie Janvier 2021 
Iota B.1.526 États-Unis Décembre 2020 
Zeta P.2 Brasil Janvier 2021 
 AV.1 Royaume Uni Mars 2021 
 P.1+P681H Italie Février 2021 
 B.1.671.2 + K417N Royaume Uni Juin 2021 

Ce regroupement est dynamique, ce qui signifie que les sous-variantes peuvent être supprimées d'un groupe ou incluses dans n'importe quel groupe en fonction du changement dans l'évaluation des menaces en termes de transmissibilité, d'immunité et de gravité de l'infection.  

Ironiquement, l’évolution du SAR-CoV-2 semble actuellement être un processus en cours. D'après la nature de ceci virus, tant qu'il y aura une transmission entre humains, il y aura des erreurs de réplication et des mutations. Certains mutants ou variants peuvent surmonter la pression de sélection pour devenir plus infectieux et virulents ou échapper à la réponse immunitaire et rendre le vaccin moins efficace. Il est possible que de nombreux autres variants soient détectés à terme dans les régions à forte transmission. Minimiser la transmission et une surveillance constante sont la clé des stratégies de confinement.  

***

Sources:  

  1. Prasad U., 2021. Nouvelles souches du SRAS-CoV-2 (le virus responsable du COVID-19) : l'approche des « anticorps neutralisants » pourrait-elle être une réponse à une mutation rapide ? Européen scientifique. Publié le 23 décembre 2020. Disponible en ligne sur http://scientificeuropean.co.uk/medicine/new-strains-of-sars-cov-2-the-virus-responsible-for-covid-19-could-neutralising-antibodies-approach-be-answer-to-rapid-mutation/  
  1. OMS, 2021. Suivi des variantes du SRAS-CoV-2. Disponible en ligne sur https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 
  1. ECDPC 2021. Variantes du SARS-CoV-2 préoccupantes au 8 juillet 2021. Disponible en ligne sur https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern 

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Umesh Prasad
Umesh Prasad
Journaliste scientifique | Rédacteur fondateur, magazine Scientific European

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