Variantes du coronavirus : ce que l'on sait jusqu'à présent

Les coronavirus sont des virus à ARN appartenant à la famille des Coronaviridae. Ces virus présentent des taux d'erreur remarquablement élevés lors de leur réplication, en raison de l'absence d'activité nucléase de relecture de leurs polymérases. Chez d'autres organismes, les erreurs de réplication sont corrigées, mais les coronavirus en sont dépourvus. Par conséquent, les erreurs de réplication chez les coronavirus restent non corrigées et s'accumulent, ce qui constitue une source de variation et d'adaptation pour ces virus . Ainsi, il est dans la nature des coronavirus de subir des mutations génomiques à un rythme extrêmement rapide : plus la transmission est importante, plus les erreurs de réplication sont nombreuses, et donc plus le nombre de mutations génomiques est élevé, ce qui conduit à une plus grande diversité de variants.

Il est évident que l'évolution vers de nouveaux variants n'est pas un phénomène nouveau chez les coronavirus . Les coronavirus humains ont accumulé des mutations et développé de nouvelles formes au cours de l'histoire récente. Plusieurs variants ont été responsables de diverses épidémies depuis 1966, date du premier cas recensé.

Le SRAS-CoV a été le premier variant mortel à provoquer une épidémie de coronavirus dans la province du Guangdong en Chine en 2002. Le MERS-CoV a été le variant important suivant, provoquant une épidémie en Arabie saoudite en 2012.

Le nouveau coronavirus SARS-CoV-2, responsable de la pandémie actuelle de COVID-19 qui a débuté en décembre 2019 à Wuhan, en Chine, et s'est ensuite propagé dans le monde entier pour devenir la première pandémie de coronavirus de l'histoire de l'humanité, a continuellement évolué, accumulant des mutations dans différentes régions géographiques et donnant naissance à plusieurs sous- variants . Ces sous- variants présentent des différences mineures au niveau de leur génome et de leurs protéines de pointe, et montrent des différences en termes de taux de transmission, de virulence et de capacité d'échappement immunitaire.

En fonction de la menace qu'elles représentent, les sous-variantes sont regroupées en trois catégories : les variantes préoccupantes (VOC), les variantes d'intérêt ou variantes à l'étude (VOI) et les variantes sous surveillance. Ce regroupement repose sur des données relatives à la transmissibilité, à l'immunité et à la gravité de l'infection.

1. Variantes préoccupantes (COV) 

Les variantes préoccupantes (COV) sont clairement associées à l'augmentation de la transmissibilité ou de la virulence ou à la diminution de l'efficacité de toute mesure de santé publique telle que l'efficacité des vaccins actuellement utilisés. 

2. Variantes d'intérêt ou variantes à l'étude (VOI) 

Les variants d'intérêt ou les variants à l'étude (VOI) sont connus pour avoir des changements génétiques qui peuvent affecter leur transmissibilité, leur virulence ou l'efficacité des mesures de santé publique et sont identifiés comme étant à l'origine d'une transmission communautaire significative.

3. Variantes sous surveillance  

Les variantes sous surveillance sont détectées en tant que signaux et il semble qu'elles puissent avoir des propriétés similaires à celles d'un COV, mais les preuves peuvent être faibles. Par conséquent, ces variantes sont constamment surveillées pour tout changement.  

Ce regroupement est dynamique, ce qui signifie que les sous-variantes peuvent être supprimées d'un groupe ou incluses dans n'importe quel groupe en fonction du changement dans l'évaluation des menaces en termes de transmissibilité, d'immunité et de gravité de l'infection.  

Paradoxalement, l'évolution du SARS-CoV-2 semble être un processus continu. De par la nature de ce virus , tant qu'il y aura transmission interhumaine, des erreurs de réplication et des mutations se produiront. Certains mutants ou variants peuvent surmonter la pression de sélection et devenir plus infectieux et virulents, ou encore échapper à la réponse immunitaire, réduisant ainsi l'efficacité des vaccins. Il est probable que de nombreux autres variants soient détectés ultérieurement dans les régions à forte transmission. Minimiser la transmission et assurer une surveillance constante sont essentiels aux stratégies de confinement.

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Sources:  

1. Prasad U., 2021. Nouvelles souches du SRAS-CoV-2 (le virus responsable du COVID-19) : l'approche des « anticorps neutralisants » pourrait-elle être une réponse à une mutation rapide ? Européen scientifique. Publié le 23 décembre 2020. Disponible en ligne sur http://scientificeuropean.co.uk/medicine/new-strains-of-sars-cov-2-the-virus-responsible-for-covid-19-could-neutralising-antibodies-approach-be-answer-to-rapid-mutation/  

2. OMS, 2021. Suivi des variantes du SRAS-CoV-2. Disponible en ligne sur https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 

3. ECDPC 2021. Variantes du SARS-CoV-2 préoccupantes au 8 juillet 2021. Disponible en ligne sur https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern 

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